Plateforme protéomique (Lille)

Les 4 « work-packages ou WP » sont directement concernés par des approches et technologies de protéomique.

• Le WP1 s'investira dans les modifications post-traductionnelles (MPT) telles que l'acétylation, méthylation, sumoylation et ubiquitinylation qui sont importants pour les fonctions des facteurs de transcription ou nucléaires
• Le WP2 envisage d'identifier les MPT modifiant des candidats peptides vaccinaux ou importants pour les réponses immunes des hôtes (homme, animaux)
• Le WP3 focalisera une partie de ces études sur les MPT et leurs rôles dans les mécanismes de reconnaissance des récepteurs et trafic intracellulaire)
• Le WP4 étudiera les MPT qui déterminent les fonctions enzymatiques ou celles qui permettent aux enzymes de former des complexes fonctionnels.

L’un des objectifs principaux de ParaFrap était d'acquérir des spectromètres de masse et de former des doctorants et post-doctorants à travers les workshops de protéomique spécifiquement adaptées à la parasitologie moléculaire.

Ainsi, la Plateforme de Protéomique et Peptides Modifiés (P3M) de l’Institut Pasteur de Lille a été inaugurée le 17 avril 2014. Cette plateforme, co-financée par le LabEx ParaFrap, le FEDER-Region Nord Pas de Calais et la Communauté Urbaine Lille Métropole est hébergée dans les laboratoires de l’Institut Pasteur de Lille. P3M propose les technologies de pointe en matière d’analyse protéomique. Cette plateforme qui offre les services et compétences d’experts est ouverte à la communauté scientifique (recherche académique et médicale). Les expertises proposées sont :

• Identification et caractérisations des modifications post-transcriptionelles (PTMs)
• Séparations des protéines par chromatographie liquide (LC)
• Séparation des protéines sur gel d’électrophorèse 1D et 2D puis scan par l’imageur Typhoon 9400
• Analyse par Nano LC-ESI-MS/MS, Nano LC-MALDI-MS/MS et quantification absolue des protéines par MRM (Multiple Reaction Monitoring) grâce à 3 spectromètres de masse : Orbitrap Q Exactive, MALDI TOF/TOF Autoflex et TSQ Endura, respectivement.
• Identification des protéines par croisement des données obtenues avec les séquences protéiques des bases de données de différents moteurs de recherche (Mascot, Sequest, OMSSA)

P3M permet de développer une technologique qui est également un élément déterminant pour notre attractivité de chercheurs/chercheuses, pour le transfert de technologies/divulgation des connaissances, pour la valorisation des découvertes par des industriels.

Inauguration de la plateforme du 17 avril 2014

Site internet de la plateforme

Plateforme métabolique (Bordeaux)

L'étude des perturbations métaboliques de cellules malades, génétiquement modifiées ou traitées par des inhibiteurs d'enzymes/médicaments est un enjeu majeur pour la compréhension du fonctionnement cellulaire ou du disfonctionnement cellulaire, pour la validation de cibles thérapeutiques etc.

Le développement récent de nouvelles méthodes de mesures par Résonance Magnétique Nucléaire (RMN), ainsi que de nouvelles méthodes pour l'analyse et l'interprétation des données complexes générées par spectrométrie RMN, font de ces approches des alternatives intéressantes à la spectrométrie de masse (MS) mais peuvent être aussi utilisés en combinaison avec des approches de MS pour les analyses métabolomiques. Le groupe de Bordeaux dirigé par Frédéric Bringaud (P3) est en relation étroite avec une plateforme de RMN ayant une expertise de longue date en Spectrométrie RMN, notamment pour l'étude des produits finaux excrétés par les métabolismes glucidiques et d'acides aminés de parasites.

La plateforme a acquis un nouveau spectromètre RMN avec un financement de ParaFrap et du Conseil Régional d'Aquitaine, afin d'étendre son expertise à des analyses quantitatives de métabolites intracellulaires de parasites unicellulaires. Cet équipement est opérationnel depuis Juillet 2015, avec un ingénieur dédié à son utilisation et sa maintenance. La moitié du temps d'utilisation de cet équipement est réservé à la communauté ParaFrap, à coût préférentiel.

Plateforme de séquençage (Université Aix-Marseille)

Le LabEx ParaFrap a participé au financement des équipements de séquençage de l’ADN de l’unité INSERM U906. L’utilisation de ces appareils est ouverte aux membres du LabEx pour les besoins de leurs projets. Le coût d’utilisation est dépendant du niveau d’expertise demandé. Les analyses réalisables sur la plateforme sont les suivantes :

• en 2015 : séquençage ciblé, séquençage de l'exome, séquençage de petits génomes
• en 2016 : analyse du méthylome, séquençage ARN (RNAseq), génotypage haut-débit

Matériel disponible :

• en 2015 : un Ion Proton (ThermoFisher Scientific) ; un Ion PGM (ThermoFisher Scientific), un Bioanalyseur (Agilent)
• en 2016 : en plus du matériel ci dessus, un Quant studio (ThermoFisher Scientific); un pyromark Q24 (Qiagen), un Bioruptor + IP-star (Diagenode)